由于生殖系统的局部病变和全身性疾病引起的闭经，称为病理性闭经。
引起病理性闭经的原因很多，可分为以下几个方面：精神因素。
精神上的创伤、恐惧、紧张等。
营养不良。
全身性疾病。
如严重贫血、结核、肾脏病、糖尿病等。
子宫本身疾病。
如先天性无子宫、子宫发育不良、创伤、刮宫过深、宫腔粘连等。
卵巢疾病。
如卵巢先天性缺如或发育不良或手术切除、恶性肿瘤等。
内分泌腺疾病。
如垂体、甲状腺、肾上腺等的病变。
另外尚需注意，有些闭经属于假性闭经，即有月经周期的变化，但因先天性畸形或后天的损伤使经血不能外流，而引起的这类闭经。
这些病人往往有下腹周期性胀痛，并且逐月加重，与上述真性闭经不同。