上呼吸道感染——一般来讲，哺乳期妇女最常见的疾病就是上呼吸道感染，会出现发烧、打喷嚏、流鼻涕、咽喉疼痛、咳嗽等症状，在此期间并不需要停止哺乳，因为无论是细菌或病毒性感染，当母亲出现症状时，宝宝早已经暴露在被传染的环境之中了，乳汁中的抗体反而有利于婴儿抵抗疾病的侵袭，所以应继续母乳喂养。
如果症状较重，母亲可选择一些婴儿也能使用的药物，如青霉素类和头孢菌素类。
不同的抗生素自乳汁中排泄差异很大，其中从乳汁中排泄量较大的有红霉素和林可霉素。
尽管有些抗生素在乳汁中浓度很高，可是到达婴儿体内的药量有限，不能达到有效浓度，却可引起婴儿过敏反应和导致耐药菌株的发生。
有些抗生素如卡那霉素和异烟肼给乳母应用后，有可能导致婴儿中毒，应禁用。
过敏性疾病——哺乳期的妈咪如有过敏性疾病如哮喘、过敏性鼻炎等，可局部用药治疗。
阴道炎——哺乳期的妈咪患有阴道炎时，建议局部用药治疗。
哺乳期母亲禁止使用的药物：喹诺酮类抗生素、氨基糖甙类抗生素、氯霉素、利巴韦林、放射性同位素、溴隐亭、环孢霉素、阿霉素等。
慎重使用的药物：
哺乳期母亲慎重使用的药物：甲硝唑、磺胺类、抗真菌素药物、抗病毒药物、硫脲类抗甲状腺药物等。