脂肪肝实验室检查的异常，视脂肪侵蚀的程度、范围和病因而定，单纯轻度脂肪肝的实验室检查可无明显异常，中、重度脂肪肝由于脂肪囊肿的破裂及肥大的脂肪细胞压迫胆道，可出现血清转氨酶升高，谷草转氨酶高于谷丙转氨酶，血清胆红素轻至中度升高。
若脂肪沉积在肝小叶中心带，影响肝对色素的代谢，可出现酚四溴酞钠和靛青绿排泄异常。
此外，血清脂蛋白质和量亦可发生异常，表现为α1、α2、β球蛋白比例升高，白、球蛋白比例失调，血清碱性磷酸酶水平可以升高，有较高的敏感性，但特异性差。
然而据经肝活检证实的脂肪肝仅有20％-30％的病人有上述一项或一项以上指标异常，因而实验室检查并不能确切反应脂肪肝性疾