动物药可按药用动物的药用部位、分类系统、所含化学成分，以及功能和药理作用等进行分类。
按药用动物的药用部位来划分，可将动物药以下8类：
全体类：亦称为“全动物类”，以药用动物的全身整体作为入药部位供用。
如水蛭、地龙、全蝎、蜈蚣、斑蝥、金钱白花蛇、海马、蛤蚧等。
器官类：亦称“脏器类”，以药用动物的某器官作为入药部位供用。
如蛤蟆油、蛇胆、熊胆、水獭肝、海狗肾、鹿胎、紫河车、狗鞭、狐心等。
组织类：亦有将本类与器官类合并称为“组织器官类”，以药用动物的某组织作为入药部位供用。
如西施舌、乌贼鱼肉、刺猾皮、蛇蜕、鸡内金、鹅内金、凤凰衣、熊掌、猪肤、鹿肉、鹿茸、鹿筋、羊髓等。
角骨类：以药用动物的角、骨、甲、鳞、刺等作为人药部位供用。
如海浮石、龟甲、玳瑁、鳖甲、猕猴骨、人指甲、穿山甲、豪猪毛刺、狗骨(骨骼、熊骨、豹骨、象牙、猪骨、猪蹄甲、鹿角、鹿角霜、鹿齿、鹿骨麝角、水牛角、羚羊角等。
贝壳类：以药用动物的贝壳或外壳等作为入药部位供用。
如石决明、海螺壳、瓦楞子、珍珠母、牡蛎、马刀、海蛤壳、珂、蛭壳、海螵蛸、蟹壳、鲎壳、桑螵蛸、蝉蜕、蚕茧等。
动物药的分类
生理、病理产物类：以药用动物的生理、病理产物作为入药部位供用。
此类亦有分别归为“排泄物类”、“分泌物类”者。
如珍珠、乌贼鱼腹中墨、紫草茸、虫白蜡、白僵蚕、白僵蛹、蜂蜜、蜂乳、蜂毒、鱼脑石、眼镜蛇毒、蝮蛇毒、白丁香、蜂猴尿、猴枣、猴结、童尿、人中白、望月砂、五灵脂、麝鼠香、龙涎香、熊胆汁、灵猫香、马宝、猪胆汁、麝香、牛黄、牛胆汁等。
加工制成品类：以药用动物的组织、器官、分泌物等为原料经加工制成的成品作为入药部位供用。
如鱼肝油、蟾酥、血余炭、龟甲胶、鳖甲胶、雪猪油、儒艮脂、阿胶、鹿角胶、霞天膏、黄明胶等。
其他类：如五倍子、冬虫夏草、露蜂房、燕窝泥等。