我国药用动物各种群分布，在11门中以脊椎动物占有较大优势，包含了约62%的药用种。
脊椎动物是我国药用动物中最大的一类，共有215科，517属，968种。
圆口纲、软骨鱼和硬骨鱼纲动物：脊椎动物门中的圆口纲、软骨鱼纲和硬骨鱼纲泛称之为鱼类。
我国鱼类资源丰富，所属四大海域约有鱼类1500多种，占世界种数的10%。
其可供药用的鱼类共104科，232属，408种，其中海洋鱼类有63科，145属，262种，药用鱼类种数约占60%以上。
圆口纲药用动物有七鳃鳗等。
鱼类中硬骨鱼纲有明显优势，包含了87%的药用种。
其中较大的科是鲤科，其他主要是科、科、鳅科、海龙科、科、石首鱼科等。
常用的药用动物有大黄鱼、小黄鱼、鳇鱼、海马、海龙等。
软骨鱼纲中药用种以鲨类为主。
海洋中约有250种鲨，我国台湾海域有125种。
可供药用的鲨有13科，28种，主要有阔口真鲨、鲸鲨、扁头哈那鲨、白斑星鲨和短吻角鲨等。
非鲨类的药用软骨鱼主要有孔鳐和赤虹等。
两栖纲动物：我国有10科，34属，196种，占世界种数的7%。
其中供药用的两栖纲动物多为无尾目，有6科31种，如蛙科13种，蟾蜍科5种，主要两栖药用动物有中国林蛙、大蟾蜍、中国雨蛙及斑腿树蛙等。
其他科中还有花姬蛙、大鲵、东方蝾螈等。
爬行纲动物：在我国有21科，105属，315种，其中药用蛇171种，占37%。
供药用的爬行纲动物以龟鳖目、有鳞目最为重要，尤其是蛇类为爬行纲药用动物中最大的类群。
我国已知蛇类有171种，其中毒蛇48种；可供药用的蛇类有5科，64种，主要是游蛇科、海蛇科和蝰科，常用的药用蛇有五步蛇、蝮蛇、银环蛇、乌梢蛇等。
此外，还有赤链蛇、竹叶青及灰鼠蛇等亦可入药。
药用海蛇主要有海蝰、青灰海蛇和长吻海蛇等。
龟鳖目中可供药用的有6科17种，其中主要有乌龟、中华鳖、玳瑁、海龟和棱皮龟等。
其外如蜥蜴目中供药用的有壁虎科、鬣蜥科等5科，34种药用动物，其中主要有蛤蚧、无蹼壁虎、丽斑麻蜥、石龙子、草绿龙蜥和脆蛇蜥等。
鸟纲动物：是脊椎动物中的最大类群。
我国有鸟纲动物81科，392属，1166种，占世界种数的13.5%，是鸟纲动物资源最丰富的国家。
其中供药用的有196种，占17%。
主要药用科为雉科、鸭科、鹰科、艫科等，如乌骨鸡、家鸡、鹅等。
中国药用动物的类群—脊椎动物
哺乳纲动物：是脊椎动物中最高等的一纲。
其具有许多进步的特征，特别是作为高级神经活动中枢的大脑皮层高度发达；感觉器官的完善，使哺乳动物可从周围环境获得大量信息，能调节复杂的机能活动和适应多变的环境条件。
现代生存的哺乳纲动物3个亚纲，即原兽亚纲、后兽亚纲和真兽亚纲。
其中真兽亚纲是高等哺乳动物类群，是现存兽类中最主要的一群，其数量多，分布广，生活环境极其多样，并与人类关系最为密切，很多种类都是重要的药用动物。
我国有哺乳动物650多种，药用209种，约占30%以上。
药用种数较多的科有鹿科、牛科、蝙蝠科、松鼠科、鼬科、鼠兔科及鼯鼠科等。
以真兽亚纲为重点介绍，真兽亚纲现存17目，我国有13目，其中有11目可供药用。
例如：
食虫目是真兽亚纲中最原始的一个目，为夜出性的小兽类。
本目主要药用动物有刺猬、缺齿鼹、麝鼹、白尾鼹等。
翼手目动物，为飞翔的哺乳动物，前肢特化，具特别延长的指骨，由指骨末端至肱骨体侧、后肢及尾间，着生薄而柔韧的翼，借以飞翔；后肢短小，具长而弯的钩爪，适于悬挂栖息。
本目主要药用动物有蝙蝠、艬鼠、松鼠、中华竹鼠、鼢鼠、麝鼠及褐家鼠等。
兔形目动物，为中小型草食性兽类。
本目主要药用动物有东北兔、草兔、雪兔、高原兔、华南兔及藏鼠兔等。
如其干燥粪便入药，中药名为“望月砂”。
鲸目动物，为水栖哺乳动物，有体毛退化，皮脂腺消失，皮下脂肪增厚等特点。
本目主要药用动物有白暨豚、抹香鲸、江豚、海豚等。
特别是以抹香鲸大肠内降结肠拐角处的异物入药，中药名为“龙涎香”，是与麝香、灵猫香、海狸香齐名的贵重药材及香料。
食肉目动物，多数为陆栖食肉性兽类，性凶猛。
很多名贵动物药，即是从本目动物中产生的。
如狗、熊、狗獾、水獭、豹、大小灵猫、虎等。
鳍足目动物，为海洋哺乳动物。
本目药用动物以海狗肾最为著名，其药材原名“腽肭脐”，为海狗及海豹雄性生殖器。
奇蹄目动物，为草原栖息并善跑的兽类。
本目也有不少珍稀名贵药用动物，如犀牛、马、驴。
偶蹄目动物，分为不反刍亚目和反刍亚目，前者我国仅有猪科，后者有骆驼科、鹿科、牛科等。
本目也有不少珍稀名贵动物药，如麝香、麝茸、牛黄等则最为著名。
灵长目动物，为哺乳纲动物中进化最高等的动物。
本目中的药用动物主要是猴科的各种动物。
特别以猴骨、猴胆结石等最为著名。
人类的毛发、胎盘等也供药用。
另外，哺乳纲动物中的长象目、儒艮目、鳞甲目等动物也可供药用，特别是如象皮、儒艮脂、穿山甲等也是珍稀名贵药材。