中医科研从方法论上说，不外乎三大类型：文献研究方法、实验研究方法、临床研究方法。
三方面应该是三位一体，缺一不可。
因为无论站在中医学发展的总体高度来说，还是站在具体的某中医科研项目来说，文献、实验、临床三者的关系均不可割裂的，文献是基础，实验是手段，临床是目的。
缺少文献研究，将会架空实验和临床；同样，缺少实验研究，中医又难以走向定量科学化；缺少临床研究，中医是失去其根本的现实意义。
在现阶段，中医科研应该是文献研究、实验研究、临床研究呈并列的“三足鼎立”的状态关系。
文献研究的基本概念
中医文献研究，广义上的概念实际是一“大文献”，从中医学的性质看，中医是成型于先秦时期的传统医学文化，其内容形式实质上是一批古典文献，所以，研究中医学就是研究古代中医文献。
涵盖文理考证、医理解释、医史发展、学术争鸣、文献综述、方法论、政策法规、教育模式、传统文化的追根溯源等等。
狭义地说，古代文献研究是“纯文献研究”，偏于文理的考证。
文献考证的基本原则是必须坚持以原始资料为依据。
本文要讨论的就是狭义文献考证的意义问题。
文献考证研究的临床意义
值得强调的是，文理考证和医理阐释，从形式上说是学术研究的两个步骤，人们总是要先能看懂文理，然后才能去阐释总结医学思想。
即文理考证是医理阐释的基础。
但在实际研究操作过程中，二者又往往是统一于一体而难以截然分开，如《素问·痹论》篇中的“逢寒则虫，逢热则纵”的注解。
必须在综合文理考证和医学考证基础上，才能准确地将文中的“虫”训释为“痋”。
北京中医药大学钱超尘教授说得好：“中医文献研究永远给医学研究提供不朽的平台”。
中医科研必须建立在牢固的文献研究这个基础平台之上，也就是说，只有在大量的文献研究工作基础之上，才能托举起中医的尖端科研。
道理很简单，如《内经》研究，今天流传下来的最早全本仅是明代的翻宋本，可想而知《内经》文献经过先秦到明代到今天这悠悠历史长河岁月的变迁，需要校勘训诂的工作量有多大了。
这需要有相当一批人的前仆后继的不懈努力，这需要有一大批能够“白首穷一经”地为中医事业勇于献身的人。
不能想象，在一个“似是而非”的《内经》本子上，能做出正确的传统中医学术理论来。
而且，事实上，《内经》也确实有许多“似是而非”的问题需要我们去考证、去纠正前人的甚至是现代的名人大家的错误。
如：
文理考证方面，例：《痹论》“凡痹之类，逢寒则虫，逢热则纵”。
这里首先要训解的是“虫”字，痹证与“虫”的关系没有医学上的解释，中医认为是人体肌表经络感受风寒湿邪所致的以关节疼痛为主要临床表现的病证。
所以考证过程应是；解释字词——训释语句——段落分析——医理发挥。
这样，由字到词，再通理。
如果不具备一定的文献考证功底和医学常识的综合素质，往往从治学的根本方法上就走向歧途。
如唐代王冰注：“虫，谓皮中如虫行。
”清代张志聪注：“如逢吾身之阴寒，则如虫行皮肤之中，逢吾身之阳热，则筋骨并皆放纵。
”清代高士宗注：“如湿痹逢寒，则寒湿相薄，故生虫，虫生则痒矣。
”这些皆为望文生义之解。
类似的例子有许许多多。
医理解释方面，例：关于针灸学方面的“缪刺”问题。
现行新世纪全国高等中医药院校规划教材《医灸医籍选读》的解释是：“缪刺是左右交叉刺络法”。
认真去阅读一下《内经·素问·缪刺论》原文，可知缪刺的内容其实是一套系统的由同侧到对侧取穴的治疗方案过程，有原则、有取穴内容、有适应症。
在取穴上即有“取浅表皮肤血络”，也有“取井穴”、“取四肢经穴”、“取背部穴”，并不是绝对的要求左右交叉取穴和刺络放血。
令人奇怪的是，也不知从何时起，缪刺内容就己被当今的专家们提炼成了一个简单的原则而已，现行的中医高等教材以及相关的中医词典都是这么定义，开设的中医古典医籍课原文也是根据这个观点断章取义。
文献考证研究的现状
今天很少有人愿意去搞古代文献研究。
因为搞文献研究枯燥，时间长，出成果慢，无经济效益。
为了考证一个字，也许可以花去一个学者几个月甚至几年的时间。
所以，一方面没人愿意从事文献工作，无论是在人力、精力、财力上都没有投入；另一方面是铺天盖地地重点兴建中医实验室，以实验室的投入规模作为衡量中医院校实力的标准。
一方面人们愿意花大把的钱财去购买兔子和小鼠，而另一方面却是没人愿意去花钱收求或去想接触有价值的中医版本文献。
看看中医科研领域，似乎有90％以上的人都在搞中医尖端科研，只有10％以下的人在搞文献考证。
中医文献研究仅仅成了点缀。
即使是中医文献研究圈内，似乎也进入了一种怪圈，对于文献、实验、临床的“三位一体”性问题，只重视其“一体”性，而忽视其各自相对独立的一面。
文献研究就要有文献研究的特色，有自己的研究体系、研究对象、研究原则和方法。
遗憾的是，中医文献研究真正用规范文献学方法去研究的科研很薄弱，据不完全统计，自1994年以来有关《内经》研究的文章约1200篇，其中版本、校勘、训诂的文章仅十几篇。
1999年至2003年的硕士、博士论文中关于《内经》的研究有14篇，其中文献考证只有l篇。
中医医史专业类论文共43篇，其中基础文献考证型论文仅2篇。
笔者随便从网上调研了一些北京中医药大学的部分硕士、博士论文题目，虽不能以偏概全，但也可看出中医科研在方法论上界限不明确：
逍遥散证理论研究及临床宏观与微观指标的实验论证；六味地黄丸异病同治规律的理论与临床研究；补肾生精汤对房劳小鼠生精障碍影响的实验研究；四逆散抗抑郁作用的理论与实验研究、黄芩汤预防和治疗变态反应病的实验研究。
仅从这些题目就很让人困惑，各专业的特色哪去了？
从文献学角度来说这是很不可思议的本末倒置的现象，这种现象为中医学术发展埋下了深深的危机。
最典型的事例可举近两年被炒得沸沸扬扬的龙胆泻肝丸中药事件。
木通是一味常用中药，具有清热利湿功用，在龙胆泻肝丸中起着重要作用。
历代所用木通为木通科木通，包括五叶木通、三叶木通及其变种白木通等，并非马兜铃科关木通。
东北的关木通，是被日本兵带入中药市场的，糟糕的是1977年版的药典